محیط و جو سازمانی یکی از موضوعات مهم برای هر سازمانی به شمار می رود که اهمیت به آن مزایای بسیاری را برای هر سازمانی به همراه دارد. هدف از انجام پژوهش حاضر در ابتدا شناسایی و در ادامه طراحی مدل ارتباطی میان عوامل اثرگذار بر کاهش جو سازمانی سمی در شهرداری یزد بوده است. جامعه آماری پژوهش را مدیران و کارکنان شهرداری یزد تشکیل داده اند. ابزارگردآوری داده ها در این پژوهش؛ پرسشنامه بوده که ابتدا به منظور تکمیل پرسشنامه مقایسات زوجی میان عوامل شناسایی شده و ارائه مدل مفهومی پژوهش با استفاده از رویکرد مدل سازی ساختاری تفسیری، تعداد 9 نفر از مدیران شهرداری یزد به عنوان نمونه با استفاده از روش نمونه گیری گلوله برفی انتخاب شدند. در ادامه به منظور برازش مدل به دست آمده از رویکرد مدل سازی معادلات ساختاری و نرم افزار Smart PLS3 استفاده شد. نتایج پژوهش حاکی از قرارگیری 7 بعد اصلی پژوهش در 5 سطح کلی دارد. همچنین بر اساس یافته های پژوهش؛ عوامل فرهنگ سازمانی و رهبری به عنوان یکی از ابعاد اصلی در سطح آغازین مدل ارتباطی کاهش جو سازمانی سمی دارد. از نتایج پژوهش حاضر، مدیران شهرداری می توانند به عنوان یک چراغ راه دستیابی به مسیر کاهش جو سمی در سازمان خود استفاده نمایند.