بعد از کنار گذاشتن رژیم ارزی شناور مدیریت شده برای کاهش آثار خروج ایالات متحده آمریکا از توافق هسته ای برجام و پذیرش نظام ارزی چندنرخی، نظام حمایت های مرزی کشاورزی کشور از دو مسیر دست خوش کژی شد؛ یکی، به لحاظ نوع ارز تخصیصی به کالاهای مختلف و دیگری، به لحاظ نرخ ارز مبنای محاسبه حقوق گمرکی و سود بازرگانی. در مطالعه حاضر، با استفاده از میانگین وزنی تعرفه واردات محصولات کشاورزی طی دوره 99-1395 و همچنین، با فرض حفظ الگوی واردات در سال 1399 و عدم تغییر حاشیه های بازاریابی، تأثیر تغییر نرخ ارز مبنای محاسبه حقوق گمرکی و سود بازرگانی بر سطح قیمت ها و میزان حمایت مؤثر مرزی از محصولات کشاورزی، به صورت تفاضل میانگین وزنی ارزش کالاهای وارداتی بعد از ترخیص با دو نرخ ارز متفاوت، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج مطالعه نشان داد که قیمت محصولات کشاورزی وارداتی، با تأثیرپذیری از این سیاست، صرفاً به صورت مستقیم، به طور متوسط، بین 6/7 تا 6/12 درصد افزایش خواهد یافت؛ و هرچه تعرفه مؤثر بیشتر باشد، میزان تأثیر تغییر نرخ ارز مبنای محاسبه تعرفه بر قیمت هم بیشتر می شود. از این رو، با توجه به افزایش واقعی سطح حمایت مرزی در اثر اصلاح نرخ ارز مبنای محاسبه حقوق گمرکی و سود بازرگانی، الگوی کاهش خطی حقوق گمرکی در مورد برخی از خطوط تعرفه ای که در لایحه بودجه سال 1400 پیشنهاد شده بود، برای اصلاح نظام تعرفه ای محصولات کشاورزی کشورکافی نبوده و لازم است که سود بازرگانی کالاها نیز مورد بازنگری قرار گیرد.