مبانی مشروعیتِ ساختار سیاسی مذهبی خوانین شیبانی، از سوی اندیشمندان حامی آن، براساس تبار و نسب آباء و اجدادی تبیین نشده است. بلکه این گروه، در جهت توجیه مقبولیت و مشروعیت حکومت شیبانیان را از مبانی و مؤلفه های دیگری در این زمینه بهره برده اند. که هدف از آن نشان دادن تمایز این ساختارِ مبتنی بر مذهب تسنن، با دیگر رقبا، بویژه با حکومت شیعه مذهب صفوی است، که تقریبا همزمان با این حکومت در ایران تشکیل شده است. درحقیقت، مؤلفه های مشروعیت بخشی نظیر مودعودگرایی و تأویل گرایی اساس این رویکرد را شکل داده است. ازجمله این اندیشمندان، فضل الله روزبهان خنجی است که به عنوان مشهورترین اندیشمند حامی شیبانیان شناخته شده و نگرشهای مشروعیت بخشِ خود را در تألیفات متعددی، نظیر سلوک الملوک و مهمان نامه بخارا، تدوین نموده و با بهره گیری از مؤلفه های فوق، تلاشهای زیادی را در راستای این رویکرد مشروعیت بخش، انجام داده است. با این رویکرد خوانین شیبانی را با تأویل و تبیین آیات قرآن و همچنین، احادیث و روایاتی مانند حدیث مجدد مائه، حدیث حارث و اخبار ملحمه، مصلحینِ موعود و منجیانِ آخرالزمانی دانسته است که ظهور کرده اند تا ناهنجاری ها و بدعتهای بوجود آمده توسط مخذولان، مناحیس و مبتدعان صفوی را از بین ببرند.