هدف: یکی از مهم ترین چالشهای نهاد علم به عنوان مهم ترین پیشران توسعه و پیشرفت کشور، فهم سازوکارها و بایسته های حکمرانی نهاد علم متناسب با اقتضائات بومی است. در این راستا، شناخت مسائل اصلی این نهاد با رویکرد راهبردی و با تأکید بر چشم اندازها و سیاستهای کلان کشور، مقدمه ای برای رفع موانع و طراحی سازوکارهای مطلوب در این زمینه است. هدف: هدف اصلی این پژوهش، مسئله شناسی راهبردی در حکمرانی نهاد علم با تأکید بر اقتضائات بومی ایران بود. سؤال پژوهش این بود که «مهم ترین مسائل راهبردی در حکمرانی نهاد علم با تأکید بر اقتضائات بومی نظام جمهوری اسلامی ایران چیست؟». روش: روش پژوهش مبتنی بر مطالعه و تحلیل اسنادی بود. یافته ها: نظام مسائل نهاد علم از اسناد و سیاستهای بالادستی جمهوری اسلامی در حوزه علم و فنّاوری همچون: سیاستهای کلی نظام در حوزه علم و فنّاوری، نقشه جامع علمی کشور، سند اسلامی شدن دانشگاهها، برنامه ششم توسعه، سند راهبردی نخبگان استخراج شده است. نتیجه گیری: مهم ترین مسائل راهبردی مبتنی بر این سیاستها در چهار محور حکمرانی نهاد علم در تعامل با اقتصاد و صنعت، حکمرانی نهاد علم در تعامل با محیط های علمی و دانشگاهی، حکمرانی نهاد علم در تعامل با دولت و حاکمیت و حکمرانی نهاد علم در تعامل با فرهنگ، جامعه و رسانه استخراج شده است.