یکی از موضوعات مهم در تمدن نوین اسلامی سازمان مطلوب و ویژگی های آن است. دلایل عقلی و نقلی زیادی در اهمیت سازمان و تشکیلات ذکر شده است که به عنوان نمونه می توان به بخشی از بیانات مقام معظم رهبری (مدظله العالی) در این رابطه اشاره کرد «تشکیلات یکی از فرائض هر گروه مردمی است که یک هدفی را دنبال می کنند. تشکیلات یعنی نظم، یعنی تقسیم وظایف، یعنی ارتباط و اتصال و زنجیره ای کارکردن؛ این معنای تشکیلات است. این چیزی است که نه فقط بد نیست، بلکه یک چیز خوب و بلکه یک چیز ضروری است. هیچ کاری در دنیا بدون تشکیلات پیش نمی رود. انقلاب اسلامی ایران هم بدون تشکیلات پیش نرفت و پیروز نشد». روش مورداستفاده در این پژوهش، مرور بر ادبیات و همچنین استفاده از روش کیفی تحلیل گفتمان و تحلیل اسناد است. برای رسیدن به تمدن نوین اسلامی و در تمدن نوین اسلامی، آموزه های اسلامی پایه و اساس تمام حوزه ها بوده و داشتن تصویری درست از حوزه های مختلف، یک امر لازم به منظور طی صحیح این مسیر خواهد بود. مراجعه به آیات و سیره اهل بیت(علیهم السلام) به عنوان معدنی غنی و سرشار از معارف در ترسیم این تصاویر امری ضروری و واجب است. در این پژوهش با مراجعه به منابع مختلف علمی و بیانات مقام معظم رهبری در حوزه سازمان مطلوب، سعی شده است تا تصویری از این حوزه در تمدن نوین اسلامی در ابعاد پنج گانه پیشنهادی، هدف و چشم انداز، ساختار سازمانی و منابع انسانی، مدیریت و رهبری، فضا و محیط و فرهنگ سازمانی، ارائه شود.