از آنجا که قیمت حامل های انرژی در هزینه تمام شده تولیدات کشاورزی سهم مهمی دارد، حذف یارانه حامل های انرژی اثرات چندگانه بر بخش کشاورزی می گذارد. هدف مطالعه حاضر بررسی آثار اصلاح یارانه حامل های انرژی بر میزان تولید محصولات کشاورزی، شاخص قیمت مصرف کننده، تقاضای نهاده ها و میزان انتشار گاز دی اکسید کربن با کاربرد مدل خود رگرسیونی برداری با وقفه توضیحی بود. داده های مورد استفاده برای دوره زمانی 1367 تا 1394 از بانک مرکزی، مرکز آمار ایران، وزارت نیرو و سازمان خواربار و کشاورزی گردآوری شد. نتایج نشان داد که حذف یارانه برق اثرات منفی اقتصادی بیشتری نسبت به حذف یارانه گازوئیل دارد، به گونه ای که میزان تولید و میزان سرمایه در حذف یارانه برق، به ترتیب، با میانگین یک و 13/41 درصد و با حذف یارانه گازوییل، به ترتیب، با میانگین 7/0 و 4/20 درصد کاهش داشته و همچنین، شاخص قیمت مصرف کننده و تعداد نیروی کار در حذف یارانه برق، به ترتیب، با میانگین 3/12 و 38/1 درصد و با حذف یارانه گازوییل، به ترتیب، با میانگین 14/3 و 55/0 درصد افزایش یافته است. در بررسی مدل های کوتاه مدت نیز مشخص شد که اثرات در کوتاه مدت شبیه بلند مدت ولی با میزان تأثیر گذاری کمتری است. براساس یافته های تحقیق، پیشنهاد می شود که حذف یارانه گازوئیل و برق در بخش کشاورزی به صورت تدریجی انجام شود و همچنین، حذف یارانه گازوئیل نسبت به حذف یارانه برق در اولویت قرار گیرد.