به دلیل چالش های عصر حاضر و تأثیر پروژه های تحقیق و توسعه بر تداوم آنها، برخی سازمان ها در این پروژه ها سرمایه گذاری می کنند. پژوهش حاضر با هدف انتخاب سبد بهینه پروژه های تحقیق و توسعه کشاورزی در مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی فارس انجام شد. پژوهش از نظر هدف کاربردی و بر اساس ماهیت توصیفی- پیمایشی بود. نخست، با مطالعه پیشینه پژوهش و مصاحبه با خبرگان، شاخص های مؤثر بر ارزیابی پروژه ها شناسایی و پروژه های تحقیقاتی از طریق تکمیل پرسشنامه توسط کارشناسان ارزیابی شدند. محاسبه وزن شاخص ها با روش آنتروپی شانون خاکستری صورت گرفت و «میزان اهمیت پروژه در میان اولویت های پژوهشی سازمان»، «میزان اثربخشی یافته های طرح تحقیقاتی بر بحران آب» و «نوآوری پروژه در سطح استانی و ملّی» مهم ترین شاخص ها بودند. سپس، پروژه ها با رویکرد نظریه خاکستری اولویت بندی شدند. به منظور اعتبار سنجی نتایج مدل، پروژه ها با روش کوپراس خاکستری نیز ارزیابی شدند و با مقایسه نتایج، مشاهده شد که رتبه پروژه ها در همه موارد یکسان نیست. بنابراین، با استفاده از روش کپ لند، رتبه ها ادغام شدند و رتبه نهایی هر پروژه مشخص شد. با توجه به نتایج به دست آمده، بودجه کل به پروژه های با اولویت بالاتر تخصیص داده و سبد بهینه پروژه تعیین شد. نتایج پژوهش می تواند برای اولویت بندی پروژه ها و تشکیل سبد بهینه در سازمان های پروژه محور از جمله مراکز علمی و تحقیقاتی مورد استفاده قرار گیرد.