بسیاری از دلایل حکمرانی نامطلوب در نظام آموزش عالی تنها ناشی از عوامل درون وزارتی نیستند بلکه عوامل برون وزارتی نیز در آن نقش دارند. هدف از مقاله حاضر تحلیل حکمرانی درونی و بیرونی نظام آموزش عالی ایران است. به منظور نیل به این هدف، از رویکرد کیفی استفاده شد. جامعه آماری تحقیق مدیرکل ها و کارشناسان ارشد معاونت های آموزشی و پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری بودند که بر اساس اشباع نظری داده ها، تعداد 11 نفر از آن ها به صورت رودررو مورد مصاحبه قرار گرفتند. برای گردآوری داده ها از روش مصاحبه نیمه ساختار یافته و برای تحلیل آن ها از روش تحلیل محتوای استقرایی استفاده شد. یافته های پژوهش نشان داد مهم ترین بازیگران حکمرانی درونی شامل رئیس دانشگاه، هیئت رئیسه، شورای دانشگاه و هیئت امنا می باشند و بازیگران حکمرانی بیرونی شامل شورای عالی انقلاب فرهنگی، مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای عالی عتف، وزارت علوم تحقیقات و فناوری و معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری می باشند. همچنین مؤلفه های نظام حکمرانی آموزش عالی مشتمل بر بازیگران (برخاسته از دولت، بازار و یا جامعه مدنی) و سیاست ها ( سیاست های درون نهادی شامل سیاست های مالی، سیاست های محتوایی، سیاست های ساختاری و سیاست های برون-نهادی شامل سیاست های اجتماعی، سیاست های کارآفرینی و سیاست های حاکمیتی) هستند. سپس هر یک از بازیگران درونی و بیرونی نظام حکمرانی آموزش عالی بر اساس کارکردهای قانونی شان مطابق با چارچوب پژوهش مورد بررسی قرار گرفتند.