طباطبایی براى قرآن کریم معناى تنزیلى و تأویلى قائل است و در تفسیر المیزان مىکوشد با استمداد از سیاق و آیات دیگر، معناى تنزیلى را بیان کند. همچنین او ذکر مصادیق را تفسیر نمىداند و غالباً از ذکر مصادیق امتناع ورزیده است. صاحب تفسیر المیزان معتقد است با ارجاع متشابهات به محکمات معانى مراد متشابهات کشف مىشود و مقصود از تفسیر قرآن به قرآن نیز همین امر است. او مىگوید: گرچه قرآن مشتمل بر مجملات است، ولى این امر باعث نمىشود که ما قرآن را کتابى نامفهوم و گنگ بدانیم. قرآن کتابى روشن و گویاست و روشن کنندة هر چیز دیگرى نیز هست. طباطبایی گرچه در گفتار، بسندگى قرآن به قرآن در تفسیر را مطرح مىکند، اما در عمل معتقد به نیازمندى تفسیر به سنت است و در مواردى پر شمار به این نیازمندى اعتراف کرده است.