سازمان های دولتی رکن رکین اجرای خط مشی در کشور هستند و بدون هماهنگی بین چنین سازمانهایی، اجرای بسیاری از خط مشیهای ملی میسر نبوده یا با چالش های جدی مواجه خواهند شد. علی رغم آنکه مبحث هماهنگی میان سازمانی، از اهمیت ویژه ای برخوردار است ولی تاکنون پژوهشی به مطالعه و بررسی موانع هماهنگی میان سازمانهای بخش دولتی کشور نپرداخته است. بر همین اساس در این پژوهش تلاش شده است تا با روش پژوهش کیفی و راهبرد تحلیل مضمون به بسط نظری موضوع هماهنگی در میان سازمانهای بخش دولتی و همچنین ارائه راهنمودهای کاربردی برای مدیران بخش دولتی پرداخته شود. در این پژوهش، پس از بررسی ادبیات نظری موجود و تبیین و توصیف هماهنگی بین سازمانی، با 22 تن از خبرگان این حوزه مصاحبه عمیق انجام شد، سپس داده های مصاحبه کدگذاری شده و مدل مفهومی موانع هماهنگی بین سازمانهای دولتی به دست آمد. طبق نتایج حاصل از این پژوهش، موانع هماهنگی در بخش عمومی در قالب موانع سازمانی، میان سازمانی، قانونی، اداری، سیاسی، فرهنگی- اجتماعی، و محیطی دسته بندی گردید.