یکی از محوری ترین مباحثی که علامه جعفری در عمده آثار خود، تلویحاً و تصریحاً، به آن اشاره نموده، وجدان اخلاقی است. از منظر وی، مدلول مفهوم وجدان اخلاقی، شامل ندای درونی، قطب نمای وجود انسانی، رهنمون سازی به سوی ایدئال ها می باشد. ایشان در دفاع از وجود وجدان اخلاقی، به شمول این قوه بین تمامی انسان ها صحه گذاشته است و فعالیت این قوه را مکمل فعالیت روش عقلانی می شمارد. در نظر علامه، کارکردهای وجدان اخلاقی می تواند شامل بروز عواملی چون، رشد شخصیت بشری، راهنمای مطمئن انسانی و مواردی از قبیل سرزنش و شکنجه شدن انسان باشد. تحقیقات ایشان در باب وجدان اخلاقی، کوششی بی بدیل است؛ اما با این همه، نظریه ایشان با انتقادهایی نیز مواجه است که از آن جمله می توان به تأثیر قوانین اخلاقی اجتماعی بر وجدان اخلاقی، مستقل دانستن قوه وجدان اخلاقی از سایر قوا، و وجود ایدئال های مختلف در بین افراد و جوامع یاد کرد. علاوه بر این، علامه جعفری عمده اهتمام خویش را بر مفهوم وجدان اخلاقی معطوف کرده و از مصادیق وجدان اخلاقی کمتر سخن گفته است.
