با توجه به ترکیب متفاوت عوامل موثر بر بهره وری کارکنان در سازمان های مختلف، این پژوهش با هدف طراحی مدل مفهومی بهره وری کارکنان با استفاده از روش مدلسازی ساختاری تفسیری طبق نظر مدیران و سپس تایید مدل طراحی شده براساس دیدگاه کارکنان در دانشگاه فردوسی مشهد اجرا گردیده است. روش تحقیق، زمینه یابی از نوع پیمایشی است. دو جامعه آماری این تحقیق متشکل از کلیه مدیران و کارکنان دانشگاه در سال 1389می باشد. حجم نمونه آماری مدیران 86 نفر وکارکنان 181 نفر برآورد گردید. روش نمونه گیری تصادفی طبقه ای است. برای جمع آوری اطلاعات میدانی از پرسشنامه محقق ساخته استفاده شده است. روایی و پایایی پرسشنامه تایید گردید. برای شناسایی عوامل موثربر بهره وری کارکنان از روش دلفی استفاده شد و تعداد 59 شاخص در زیرمجموعه7 بعد مشخص گردید. ابعاد شامل کیفیت نیروی کار، ارتباط مدیران و کارکنان، فرهنگ سازمانی، ویژگی های محیط کار، فناوری، عوامل فردی و عوامل انگیزشی است. سپس مدل مفهومی بهره وری کارکنان با استفاده از فن مدل سازی ساختاری تفسیری طبق نظر مدیران طراحی شد. مدل مذکور بر اساس دیدگاه کارکنان با روش رگرسیون چند متغیری در نرم افزار لیزرل موردآزمون و تایید قرار گرفت. نتایج آزمون بر معنادار بودن ضرایب مسیر بین ابعاد و نهایتا تایید مدل دلالت دارد. این مدل دارای دو سطح می باشد. بعد محیط کار به عنوان سنگ زیربنای مدل، سطح زیرین مدل و دیگر ابعاد سطح بالایی مدل را تشکیل می دهند. بنابراین فرآیند بهره وری کارکنان دانشگاه می بایست با بعد محیط کار شروع شود تا زمینه برای بهره ور شدن سایر ابعاد در سطح بالاتر فراهم گردد.