تحریف ناپذیرى قرآن در آثار شیخ بهایى، حداقل با سه دلیل آیات، احادیث و تواتر، تمام اجزاى قرآن قابل اثبات است. دلیل قرآنى، مستند به آیه 9 سوره حجر و آیات 41 و 42 سوره فصّلت است. و دلیل روایى مستند به احادیث عرض و استفاده از شمار زیادى از احادیث فقهى و غیرفقهى در زمینه هاى آن است.
دلیل تواتر نیز مبتنى بر انگیزه هاى غیرقابل توصیف مسلمانان در نقل، حفظ، نگارش و... تمام اجزاى قرآن است. به همین رو، شیخ بهایى اختلاف گوهرى در کلمات قرآن را مستند به تواتر و قرائت نماز را با هرکدام از قرائات هفت گانه بدون اشکال مى داند و اختلاف سایر مصاحف با مصحف موجود را بى اعتبار قلمداد مى کند.
