در کتاب تعلیقات ـ که به احتمال زیاد حاصل درس نوشته های شاگردان شیخ الرئیس است ـ تلاش می شود تا به پارادوکسی در خصوص علم به جوهر پاسخ داده شود. این پارادوکس را می توان بدین صورت بازسازی کرد که اگر با علم به شیء، عین ماهیت آن به ذهن می آید، آن گاه وقتی به جوهری علم پیدا می کنیم باید عین ماهیت آن، که جوهر است، به ذهن بیاید. از طرف دیگر، در فلسفه مشاء، علم از کیفیات نفسانی و از اعراض است. بدین ترتیب، با تناقضی مواجه می شویم که علم ما به جوهر هم باید جوهر باشد و هم باید عرض باشد و جوهر نباشد. پاسخ تعلیقات به این پارادوکس آن است که آن چه جوهر است، مفهوم جوهر است که همان «در موضوع نبودن» است و آن چه عرض است، علم ما به جوهر است که از کیفیات نفسانی است. بنابراین موضوع در دوگزاره به ظاهر متناقض عیناً یکی نیست، بلکه در یکی مفهوم جوهر است و در دیگری مصداق ذهنی جوهر. از این جا معلوم می شود که پاسخی که صدرالمتالهین با به کارگیری مفاهیم حمل اولی ذاتی و حمل شایع صناعی به این پارادوکس (و پارادوکس های مشابه، مانند پارادوکس معدوم مطلق و یا کلی و جزئی) مطرح می کند، در آثار شیخ الرئیس سابقه دارد.
