همزمان با رقابت عناصر عشیره ای افشاریه، زندیه و قاجاریه، نزاع دو جبهه فکری شیعی اهل طریقت نعمت اللهیه و اهل شریعت به سردمداری مجتهدان اصولی در شهر کرمان تشدید یافت و به قتل مشتاق علیشاه و یکی از ابدالش انجامید. این دودستگی بر رخدادهای بعدی شهر کرمان بسیار تأثیرگذار بود. قاجاریه در مرحله تثبیت که مقارن عصر فتحعلیشاه بود، ناگزیر خود را به نهادهای شهری که علما و روحانیون از قدرتمندترین آن ها محسوب می شدند، نزدیک کرد؛ اتخاذ این سیاست، صوفیه را در معرض فشار و تهدید قرار داد. در دوره سلطنت محمدشاه، اهل شریعت شهرکرمان با اجرای شریعت، تفوق اهل طریقت را به چالشگرفتند. توضیح وقایع و بیان آثار و پیامدهای این دودستگی، موضوع پژوهش حاضر است. بررسی منابع و اسناد و تحلیل داده های تاریخی، نشان از مجادله و مخاصمه این دو گروه متنفذ شهرکرمان در دوران سلطنت سه پادشاه اول سلسله قاجار دارد.
شیخ احمد احسایی(د. 1241 ق/1825 م) در دورة قاجار با استفاده از منابع معرفتی چهار جنبش فکری: صوفیه، فلسفه، اخباری و اصولی درصدد برآمد نحلة جدیدی تأسیس کند و بین اصول عقاید مکتب شیعه وحدت و همدلی ایجاد کند؛ اما این نحله که به شیخیه موسوم گردید بر دامنة اختلافات درونی شیعه افزود و حتی خود احسایی از سوی برخی از علمای شیعه تکفیر شد. پس از مرگ سید کاظم رشتی، یکی از شاگردان او، حاج محمد کریم خان،پسر حکمران کرمان، ابراهیم خان ظهیرالدوله (حک:1218 1240ق/1803 1824م) با توضیح و تبیین یکی از اصول اعتقادی مکتب شیخیه یعنی رکن رابعموفق شد شاخة شیخیة کرمان را پدید آورد. این فرقه نوظهور به زودی پیروانی در کرمان و برخی توابع آن به دست آورد که تا پایان عمر قاجاریه در تحولات محلی مؤثر واقع شدند.ابراهیم خان ظهیرالدوله به سبب علاقة شدیدی که به افکار و اندیشه های شیخ احمد احساییداشت از مریدان وی گردید، سپس فرزندان و دیگر اعضای خاندان وی به این طریقه تمایل یافتند.ابراهیم خان ظهیرالدوله نخستین حاکمی بود که پس از قتل و غارت های آغا محمدخان منشأ خدمات عمرانی و رفاهی در کرمان و دیگر شهرهای این ایالت گردید. این خاندان با تصاحب اراضی کشاورزی و حفر کانال های آبرسانی و قنات تحول عمده ای را در عرصة مالکیت اراضی کشاورزی و تولید داشتند. مضافاَ آنکه برخی از افراد این خاندانِ شیخی مسلک به حکمرانی این ایالت منصوب شدند. تجار شیخی نیز با تأسیس برخی از مراکز تجاری و قیصریه نیز به نوبة خود سهم قابل توجهی در رونق بازار و حیات اقتصادیِ این ایالتداشتند. برخی از طبیبان ماهر و چیره دستِ کرمانی از خاندان شیخی مسلک ابراهیمی بودند. نیز برخی دیگر از افراد این خاندان برای اولین در کرمانمرکز بهداشتی و درمانیتأسیس نمودند که خوداز شاخصه های مهمرشد عمومی سلامت افراد جامعه به شمار می رود.از دیگر خدمات رفاهی که به وسیلة این خانداندر این شهر انجام گرفت می توان به اولین عکاس خانه و احداث خطوط تلگراف و راه های ارتباطی اشاره نمود.
در خلال دو جنگ ایران و روس که منجر به جدایى قسمت بزرگى از خاک شمال ایران گردید، حضور علما در تشویق مردم به دفاع از وطن خویش باعث شدکه اشتهاى دولت تزار روس در دستیابى به آبهاى گرم جنوب کشور (خلیج فارس) کورگشته و دست از طمع خام خود بردارد. حضور مستقیم علماى دین چه با صدور فتاوى، چه با حضور در جنگ عامل مهمی در پدید آمدن نوعى از ادبیات شدکه بهترین عنوان براى آن، ادب جهادى است.