در هندسه و منظومه فکری امام خمینی عقل و عقلانیت جایگاه ویژه دارد؛ آثار ایشان درباره علوم اسلامی گویای اهتمام ایشان به تفقه عقلی و استفاده از عقل و روش عقلی است؛ اما به رغم عقل گرایی افراطی و خودکفایی و خودبسندگی عقل در شناخت انسان، حقایق جهان هستی و کمال و سعادت و راه به دست آوردن آن، ایشان به محدودیت ها و ناتوانایی های عقل باور داشت و پیوسته سخن ایشان این بود که عقل باید در خدمت وحی قرار گیرد و از سوی دین و شریعت پشتیبانی و هدایت شود. در پژوهش حاضر با روش اجتهادی و تحلیل اسنادی، محدودیت ها و ناتوانایی های عقل از نگاه امام خمینی بررسی شد. دستاورد این پژوهش عبارت است از: عقل در درک بسیاری از حقایق، اسرار و رموز جهان هستی ناتوان است ازجمله، چگونگی وحی و نبوت، معاد جسمانی، فلسفه احکام و...؛ ازآنجاکه عقل از عوامل و موقعیت های درونی و بیرونی تأثیرپذیر است، نسبت به آنچه درک می کند و می شناسد و در مورد آن داوری دارد، مصون از خطا، اشتباه و تخطی از واقع نیست؛ اگر انسان بخواهد عقل خود را در مورد حقایق غیبی تعبدی دخالت دهد سرانجام کار او به انکار مسلمات و ضروریات دینی می انجامد.
خداوند سبحان بر پیامبر اسلام وحی فرستاد همچنان که بر پیامبران پیش از ایشان وحی فرستاده بود. چگونگی نزول وحی بر پیامبر اسلام یکی از سؤالات حائز اهمیت در حوزه علوم قرآنی است. این پژوهش به روش کتابخانه ای، دیدگاه امام دربارة چگونگی وحی بر رسول اکرم را بررسی نموده و تفاوت آن را با دیدگاه های دیگر بررسی کرده است. روشن شد که دیدگاه امام خمینی با دیدگاه رایج در میان علمای علوم قرآنی تفاوت دارد و به دیدگاه ابن خلدون درباره چگونگی ارتباط وحیانی پیامبر نزدیک است؛ امّا امتیازهایی در دیدگاه امام یافت شد. بر اساس دیدگاه امام خمینی، پیامبر اسلام با رهایی از جلباب بشری، در افق اعلی حضور می یابد و جبرئیل امین، وحی قرآن را بر قلب مبارک ایشان القاء می کند. بر این اساس، دیگر انسان ها راهی برای اتّصال به عالم غیبیّه ندارند؛ در نتیجه حقیقت وحی و آنچه در عالم علوی برای رسول الله اتفاق می افتد را درک نمی کنند. از این رو تعبیرهایی که دربارة چگونگی حالت وحیانی به ما رسیده، ظواهری در خور فهم ما انسان های گرفتار در عالم طبیعت است که با حقیقت وحی که در عالم ملکوت رخ داده است فاصله دارد.
از زمان تدوین فقه شیعه، مسؤولیت اجرای احکام مربوط به حکومت نیز بر عهده فقهای جامع الشرائط دانسته شده است. با وجود چنین اشتراک نظری، می توان دو مبنای اصلی را در نظرات فقها مشاهده کرد: مبنای «اداره حکومت» بر اساس امور حسبیه و مبنای «ولایت بر حکومت». در واقع تشکیل حکومت اسلامی توسط فقها در عصر غیبت را می توان بر اساس یکی از این دو مبنا توضیح داد.
در حالی که قائلین به مبنای ولایت در حکومت، فقها را از جانب معصومین: برای اداره امور جامعه منصوب دانسته و ولایت در زعامت سیاسی را برای فقیه اثبات می کنند، قائلین به مبنای اداره حکومت، فقیه را در امر حکومت دارای ولایت نمی دانند؛ بلکه فقیه، فقط از باب اداره امور حسبه، متصدی این گونه امور خواهد شد.
در پژوهش حاضر، ماهیت این دو مبنا، بر اساس نظرات چند تن از فقها مطرح شده و پس از بیان تفاوتها، نتایج این بررسی و تاثیر آن بر بحث ولایت فقیه و تشکیل حکومت اسلامی را مورد ارزیابی قرار خواهیم داد.