هدف: هدف این پژوهش، شناسایی عوامل مؤثر بر هماهنگی در نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها بود. روش: پژوهش حاضر از نظر هدف، کاربردی و از نظر نحوه گردآوری داده ها توصیفی بود که با رویکرد کیفی انجام شده است. جامعه پژوهش، معاونان، مدیران و خبرگان آشنا به موضوع پژوهش بودند که به روش قضاوتی و با معیار اشباع نظری داده ها، 20 نفر انتخاب شده اند. برای تحلیل داده های حاصل از مصاحبه های نیمه ساختاریافته، از روش تحلیل مضمون استفاده شده است. یافته ها: پس از برگزاری مصاحبه ها و پیاده سازی متون، 32 مضمون پایه در ارتباط با عوامل مؤثر بر هماهنگی به دست آمد و در مرحله بعد، 12 مضمون سازمان دهنده از میان آنها استخراج شده است. نتیجه گیری: نتیجه نهایی پژوهش، شناسایی عوامل مؤثر بر هماهنگی در سازمان مدّ نظر بود که عبارتند از: نظام ارتباطی- اطلاعاتی، عوامل ساختاری، عوامل نگرشی، برنامه ریزی، نظام رسمی مشارکت، نظام ارزیابی و نظارت، عوامل سخت افزاری، عوامل مأموریتی، رهبری، فرهنگ سازمانی، قوانین و مقررات و ویژگی های فردی. توجه به ابعاد مذکور شناسایی شده و ارتقای آنها می تواند بر ارتقای کارایی و اثربخشی سازمان اثر جدّی داشته باشد.