امنیت قضایی تضمین کننده حقوق همه کسانی است که در یک دعوای کیفری دخالت دارند. در این تحقیق، ابتدا تضمین های عمومی امنیت قضایی در فقه امامیه و نظام کیفری افغانستان مورد بررسی قرار گرفته و سپس تضمین های خاص امنیت قضایی در مرحله تحقیقات مقدماتی در سیستم دادرسی کیفری افغانستان بررسی و در موارد لزوم دیدگاه فقهای امامیه نیز تبیین شده است. بر اساس یافته های پژوهش، اصول عامی مانند اصلِ قانونی بودن جرایم و مجازات ها، اصلِ برائت، اصلِ تساوی در برابر قانون و اصلِ شخصی بودن مسؤلیت کیفری جزو اصول حاکم بر امنیت قضایی است و بایستی در تمام مراحل دادرسی اعمال گردد. در غیر این صورت امنیت قضایی تحقق نخواهد یافت. با این حال در مرحله تحقیقات مقدماتی که یکی از مراحل مهم و حساس در سیستم دادرسی های عرفی است، معیارها و ضوابطی وجود دارد که عدم رعایت آنها امنیت قضایی را با خطر مواجه می سازد. همچنین در این مرحله متهم دارای حقوقی است که نادیده گرفتن آنها به معنای نادیده گرفتن دادرسی منصفانه و به تبع آن عدم وجود امنیت قضایی خواهد بود.