دستگاه و جریان شبهه سازی و انتقال شبهات از مؤلفه های گوناگونی مانند کانون های شبهه گری، بسترهای ایجاد شبهه، مواد اولیه استدلال، فرآیند استدلال و رویّه های انتقال شبهات سامان یافته است. درین میان، شناخت علل و بنیان های ایجاد شبهه، نقش مهمی در فرآیند پاسخ گویی به شبهات خواهد داشت. قرآن مجید، در قامت کتابی که به تبیین زیر بناها و پی رنگ ها می پردازد، افزون بر پاسخ گویی به موارد شبهه، به موضوع علل و بنیان های شکل گیری شبهه نیز توجه داشته است. پژوهش حاضر با درک گفتمان قرآنی درین موضوع، به روش اکتشافی- تحلیلی و مبنا قرار دادن قرآن و بهره از منابع کتابخانه ای، موضوع پیش گفته را به دو رده علل معرفتی و بنیان های روشی افراز کرده است. بر اساس دستاورد این نوشتار، مواردی چون شناخت ناکافی، خرافه گرایی، پیروی از سنن نادرست، کاربست پیش فرض های نادرست و جبر گرایی در شمار علل معرفتی ایجاد شبهات به شمار می روند. هم چنین روشهایی مانند قیاس نادرست، استقراء نادرست، پیگیری متشابهات، حصرگرایی روش شناختی، برخورد گزینشی و پیروی از گمراهان در سپهر روش شناختی قابل ارزیابی هستند.
