ملاصدرا معتقد است نفس در آغاز موجودی مادی است و با حرکت جوهری خود به مرتبه تجرد می رسد و پس از طی کردن مراتب کمالات و تحولات جوهری، به تجرد کامل نایل می آید و از بدن بی نیاز می شود. در واقع، نفس مولود عالم طبیعت است و قبل از خلقت ابدان وجود ندارد. اما در برخی از احادیث و روایات رسیده از ائمه که از نظر محدثان در حد تواتر است خلقت ارواح و نفوس انسان ها پیش از ابدان دانسته شده است. از آنجایی که ملاصدرا فیلسوفی شیعی است، برای روایات صادرشده از پیامبر و اهل بیت او حجیتی کمتر از عقل قائل نیست. لذا در صدد تبیین عقلانی از روایات است. وی برای وجود نفس قبل از بدن و عالم طبیعت دو تفسیر مطرح کرده است؛ یکی وجود جمعی عقلانی و دیگری وجود انسان نفسی.