محققان مسلمان به طور عمده بین مکتب و علم اقتصاد اسلامی تفکیک قائل می شوند. این تفکیک، زمینه ساز مباحثی در مورد مفهوم آن دو و تمایز در چگونگی تولید و آزمون نظریات شده است. این مقاله، به بررسی این سؤال می پردازد که آیا تمایز در محتوای مکتب و علم اقتصاد اسلامی موجب تمایز در روش مورد استفاده در آنها نیز می شود؟ بنا به فرضیه مقاله، هر یک از مکتب و علم اقتصاد اسلامی، روشی متمایز برای تدوین نظریات خود دارند. این تحلیل، به طور عمده مبتنی بر رویکرد شهید صدر در تعریف مکتب و علم اقتصاد اسلامی و رابطه آنها، است. یافته های مقاله، که به روش تحلیلی سامان یافته، نشان می دهد که نظریات مکتب اقتصاد اسلامی، با استفاده از روش استنباط مستقیم و روش کشفی از منابع اسلامی قابل استنباط است. در مقابل، برای تدوین نظریات علم اقتصاد اسلامی، باید از روش هایی همچون قیاس، استقراء و روش فرضیه ای-قیاسی بهره جست. البته می توان از نوعی همگرایی روشی، بین روش شناسی مکتب و علم اقتصاد اسلامی نیز سخن گفت. از آنجا که یافته های مکتب اقتصادی اسلام، به خصوص در زمینه ساختار مطلوب اقتصاد اسلامی عملاً به عنوان پیش فرض ها در علم اقتصاد اسلامی به کار می روند، روش شناسی علم اقتصاد اسلامی، گسسته از روش شناسی مکتب اقتصادی اسلام نیست.
