بحث تشکیک یکی از مهمترین مسائل فلسفی است که در نظامات فلسفی بدان پرداخته شده است. صدرالمتالهین قائل به تشکیک در وجود بوده و با تفتیش در نظام مشایین، ایشان را نیز قائل به تشکیک خاصی میداند. ولیکن قرائت صدرا و اتباع ایشان از تشکیک در نظام اشراقی، تشکیک ماهوی است. زیرا صدرا، اعتباریت وجود را در نظام فلسفی شیخ اشراق به معنای معقول ثانی منطقی پنداشته فلذا شیخ اشراق را اصالت ماهوی دانسته و مباحث تشکیکی ایشان را در ساحت ماهیت معنا کرده است. نگارنده قائل است که اولاً: اعتباریت وجود در نظام اشراقی به معنای معقول ثانی منطقی نیست تا اینکه شیخ اشراق را اصالت ماهوی بدانیم بلکه وی قائل به عینیت وجود است و اعتباریت به معنای معقول ثانی فلسفی است. و ثانیاً: شیخ اشراق فقط مباحث تشکیک را در ماهیت مطرح ننموده بلکه تمایز تشکیکی را در ساحت وجود نیز طرح نموده است. و ثالثاً: اگر ایشان قائل به تشکیک ماهوی است به جهت این است که وجود و ماهیت را در عالم خارج منحاز از یکدیگر نمیداند فلذا تشکیک وجود منجر به تشکیک ماهیت خارجیه نیز می شود.