در نوع رهبری امام باقر(ع) تمام شاخصههای ذاتی و اکتسابی ایشان، سبکهای رهبری آمرانه، مشارکتی، متقاعدکننده و تفویضی به گونهای منظم دخیل است. علاوه بر آن، موقعیت درون سیستم رهبری شونده یعنی تشیع، بر نوع رهبری امام باقر(ع) تأثیر داشته است. در این نوع رهبری علاوه بر نقاط مشترک، شاخصههای متمایزی از سبک رهبری ایشان با الگوهای نظری مطرح نیز وجود دارد. این شاخصهها در برخی ویژگیهای شخصیتی نظیر علم و عصمت، خطمشیها و اصول حاکم بر سبکهای آمرانه و تفویضی رهبری ایشان، در توجه به موقعیت بیرون از سیستم تشیع، علاوه بر وضعیت درون نظام رهبری حضرت و... قابل بررسی است. گویا وجود این شاخصههای متمایز در اصول رهبری و مواردی از جزئیات، به تفاوت دو مفهوم یا واژه «رهبری» و «ولایت» مرتبط است.