ماهیت دارای دو معنای مشهور است: «ما به الشیء هو هو» یا وجود و «ما یقال فی جواب ما هو» یا مفهوم کلی شیء. ملاصدرا نخستین کسی است که به این دو معنا، و مدلول هر یک تصریح داشته است. این دیدگاه، با اصالت و وحدت وجود به عنوان مهم ترین مبانی نظام صدرایی سازگار و حتی ملازم است. در عین حال با توجه به این که این دو اصل نزد فیلسوفان پیش از صدرا و به طور خاص ابن سینا مطرح نبوده اند حتی اگر بتوان دو معنای یاد شده را از برخی عبارات شیخ برداشت کرد، به دلیل اختلافات بنیادی نظام سینوی و صدرایی نمی توان نسبت میان آن ها را در این دو نظام فلسفی یکسان دانست. در فلسفه ابن سینا ماهیت چیزی نیست جز «ما به الشیء هو هو» که عیناً همان حقیقت و ذات شیء و متمایز از وجود است. اگر «ما به الشیء هو هو» یا ماهیت شیء، مجهول باشد، از آن به ما هو سؤال میشود و پاسخ یا همان «ما یقال فی جواب ما هو»، مفهومی است که دلالت تام بر «ما به الشیء هو هو» دارد. بنابراین، این دو معنای ماهیت بر خلاف آنچه در فلسفه صدرا ملاحظه میشود، نسبت دال و مدلول به یکدیگر دارند و از جهتی میتوان گفت دو مرتبه یا دو مقام از یک امرند. با این تفسیر، دیگر تأویلاتی که صدرا و پیروان او از منظر حکمت متعالیه از برخی عبارات شیخ دارند، لازم نمی آید.
