یکی از چالش های جدید در برابر برهان نظم، نظریه کوانتوم است. فیزیک کوانتوم که بر پایه عدم قطعیت، احتمال و آمار بنا شده، در تفکرات فلسفی انسان تأثیر به سزایی داشته است. نظم در طبیعت از جمله مفاهیمی است که در پرتو این نظریه با تغییر معنایی شگرفی روبه رو است.
در فیزیک جدید، امکان رسم خط قاطعی بین عین معلوم و ذهن عالم وجود ندارد و برخی حتی معتقدند «شیئیت» یک ذره کوانتومی در گرو مشاهده ناظر است. با پذیرش اصل عدم قطعیت، تنها می توان برای آینده احتمالات را محاسبه کرد و به نظر می رسد که قوانین ثابتی در جهان اتمی و زیراتمی وجود ندارد.
در این نوشتار، برداشت های متفاوت از نظریه کوانتوم و تأثیر اصل عدم قطعیت بر برهان نظم مورد ارزیابی قرار گرفته و بر فرض صحت این اصل فیزیکی، از نظریه خداوند به عنوان مهارکننده عدم تعین های کوانتومی دفاع شده است.
