روش شناسی به عنوان یک علم درجه دوم سطوح مختلفی دارد: شیوه های مطالعه، روش شناسی کاربردی، روش شناسی بنیادین و روش شناسی عام یا همان شیوة تفکر به صورت عام وکلی. آنچه که در این مقاله مورد تحلیل قرار گرفته است، روش شناسی بنیادین است. در این مقال به این سؤال اساسی پاسخ داده شده است که چگونه میتوان بر اساس انگاره های کلی برگرفته از آموزه های دینی، نظریه ای تولید کرد که روش خاص به خود را داشته باشد. به طور کلی، نظریات مربوط به علومی، که به موضوعات خاص میپردازند، در خلأ شکل نمیگیرد، بلکه بر اساس یک مجموعه اصول موضوعه ومبادی خاصی تدوین مییابد. شناخت آن فلسفه و چارچوب برای بازشناسی نظریه ها ضروری است. چنین به نظر میرسد که، بر اساس انگاره های معرفت شناختی وحی، عقل، نقل، تجربه و حس میتوان روش شناسی بنیادین خاص خود جهت تولید نظریات علمی را داشت.