در سال های 1341 و 1342 که روحانیون ایران با پیشگامی آیت الله خمینی به مخالفت با اقدامات حکومت پهلوی برخاستند، منویات کلی آنان ازسوی حوزه ی علمیه ی نجف مورد حمایت و پشتیبانی قرار گرفت. در این میان، مواضع حمایتگرانه و همدلانه ی آیت الله خویی بیش از سایر علمای این حوزه بود و موجب دلگرمی روحانیان داخل ایران می شد. در این مقاله، مواضع ایشان دربرابر مسائلی چون مصوبه ی دولت اسدالله علم، رفراندم شاه، دستگیری و بدرفتاری با روحانیون، حمله به مدرسه ی فیضیه، دستگیری آیت الله خمینی و فعالان قیام پانزده خرداد، انتخابات مجلس شورای ملی و سایر حوادث و رخدادهای منتهی به تغییر دولت اسدالله علم در اسفند 1342 را مورد بررسی قرار دادیم. از این بررسی ها نتیجه گرفتیم که مواضع آیت الله خویی درمقایسه با مواضع سایر علما و مراجع تقلید (به جز امام خمینی) از لحن تندتر و شدیدتری برخوردار بوده است. فتوای ایشان در تحریم همکاری با دولت پهلوی از مهم ترین و کم نظیرترین فتواهای مراجع تقلید شیعه علیه حکومت در دوران پهلوی به شمار می رود.
شیعه از زمان پیدایش تاکنون، تاریخ پر فراز و نشیبی داشته و نقاط عطف زیادی به خود دیده و در برخی بزنگاه های تاریخی، با فرصت پیش آمده به قدرت رسیده و اقدام به تشکیل حکومت کرده است. در این راستا، عوامل و پدیده های مختلف و فراوانی نقش داشته اند. شیعه در تاریخ معاصر نیز با قیام مردم ایران به رهبری امام خمینی، و پس از تشکیل نظام جمهوری اسلامی فرصت تجدید حیات دوباره پیدا کرد. بی تردید، در این نوزایی، بیشترین نقش را روحانیت شیعه ایفا کرده است. از جمله کانون هایی که در بالندگی روحانیت و تحولات معاصر شیعه بسیار اثرگذار بوده، مدرسة فیضیه در قم است. بررسی چگونگی تحولات تاریخی این حوزه و شناخت عوامل مؤثر در این تحولات و چگونگی اثرگذاری آن در حیات دوبارة تشیع مسئله ای است قابل تأمل و مداقه که پژوهش حاضر قصد وصف و تبیین آن را دارد. فیضیه، در تاریخ معاصر، ضمن اینکه مرکز تعلیم و تعلم علوم و معارف دینی بوده، پناهگاه انقلابیون و پایگاه فعالان سیاسی حوزوی و غیرحوزوی نیز بوده است. همین ظهور و بروز توأمانِ دیانت و سیاست اسلامی بود که در نهایت مرحلة جدیدی از حیات شیعه را رقم زد.