طرح کلی دین اسلام یکی از دغدغههای آیتالله خامنهای است و در آثار مختلف به تبیین این مهم پرداختهاند. ایشان بر پایه کتاب و سنت، سعی کرده است تا مهمترین معارف اسلام را در ساختاری هندسی و هماهنگ طبقهبندی کند تا از این طریق بتواند اسلام را به عنوان طرح و مسلکی اجتماعی دارای اصولی منسجم و یک آهنگ و ناظر به زندگی جمعی انسانها تبیین کند و از این طریق زمینه برای کشف نظریه اسلام برای جامعه و حکومت اسلامی و هویتبخشی به مسلمین فراهم شود. ایشان با استناد به قرآن کریم و سیره معصومین؟عهم؟، توحید را محور طرح کلی دین میداند که در اطراف آن شبکهای از مفاهیم و معارف زندگیساز در سه عرصه جهانبینی، انسانشناسی و خط مشی اجتماعی شکل میگیرد.
تشکیل حکومت جهانی، هدف انبیا و جانشینان آنان بوده است که فقط مدت کمی توانستند به آن دست یابند و در آن مدت کوتاه هم با انواع توطئه های دشمنان خارجی و مقاومت داخلی روبه رو بودند. اما قیام حضرت مهدی(ع) هنگامی محقق می شود که آمادگی پذیرش داخلی به وجود آید و دشمنان خارجی نیز منکوب شوند و شرایط برپایی حکومتی بر مبنای توحید در سراسر جهان فراهم شود و نابودی کفر و شرک و نفاق را در سراسر گیتی در پی داشته باشد. خداوند در قرآن فرموده است: «و قاتلوهم حتی لا تکون فتنه و یکون الدین کله لله؛ با آن ها بجنگید تا فتنه ای نباشد و دین تمام برای خدا باشد.»
امام باقر(ع) در تفسیر این آیه فرموده: «تاویل و تفسیر نهایی این آیه هنوز نیامده است و اگر قائم ما بعدآ قیام کند، هر کس او را درک کند، خواهد دید که دین محمد(ص) تا آن جا که شب آن را می پوشاند، خواهد رسید، تا این که بر روی زمین مشرکی باقی نماند.»
بشارت های دیگری نیز هست؛ از جمله این آیه که در سه جای قرآن تکرار شده است: «هو الذی ارسل رسوله بالهدی و دین الحق لیظهره علی الدین کله؛ اوست کسی که رسولش را با هدایت و دین حق فرستاد تا او را بر تمام ادیان پیروز سازد.»
در حکومت جهانی مهدی(عج)، یکتاپرستی تمام جهان را فرا می گیرد و توحید از تجاوز به حریم حق جلوگیری می کند. از مشخصات بارز حکومت مهدی(ع) این است که قدرت به دست آمده، به سستی نمی گراید و به بغی و ستم و ناحق کشیده نمی شود، زیرا حکومت دین محور است.