سنگ های بکار رفته در مجموعه ی میراث جهانی پاسارگاد در ظاهر به لحاظ بافت و رنگ متفاوت هستند و از نقطه نظر ظاهری شامل سه نوع سنگ متفاوت می شوند. به همین دلیل، ممکن است دارای رفتارهای متفاوت فیزیکی و شیمیایی نیز باشند. تخریب های سطحی صورت گرفته در این سنگ ها با وجود شرایط یکسان محیطی، شکل های متفاوتی دارند. هدف از این پژوهش تشخیص ماهیت شیمیایی سنگ های این محوطه از طریق آنالیزهای دستگاهی XRD و XRF و شناسایی تخریب های سطحی و نمک های احتمالی سطحی از طریق مشاهدات ریز ساختاری توسط میکروسکوپ دیجیتال و آنالیز دستگاهی SEM-EDS است. نتایج حاکی از آن هستند که سنگ های بکاررفته در مجموعه از نظر شیمیایی همگی نوعی سنگ آهک هستند که دو گونه ی آن خلوص بالاتر و ساختار فشرده تری دارند، اما یک گونه از سنگ های مجموعه که معروف به «سنگ کبود» است، ساختار ماسه ای و نسبتاً متخلخلی دارد. در آنالیز دستگاهی XRD فاز اصلی تمامی سنگ ها کلسیت (CaCO3) است که علاوه بر آن مقدار جزئی فاز کوارتز (SiO2) نیز گزارش شده است. در برخی از نمونه های سنگ کرم رنگ از بلوک های متفاوت، فاز دولومیت (Ca,Mg(CO3)2) نیز شناسایی شد. با وجود احتمال حضور نمک به عنوان عاملی برای تخریب، در نتایج آنالیزها هیچگونه نمکی مشاهده نشد که احتمال می رود یا بطور کلی عامل تخریبی نمک در اینگونه سنگ ها وجود نداشته و یا مقدار آن ها آنقدر ناچیز بوده که قابل شناسایی در آنالیزXRD نبودند. بر طبق تصاویر ماکروسکوپی و ریز ساختاری می توان اذعان داشت که عمده تخریب های صورت گرفته در سنگ های سیاه و کبود به علل ضعف ماهیتی خود سنگ بوده که از جمله ی آن رگه های کلسیت ثانویه و ذرات متشکله متفاوت هستند و مهمترین علت تخریبی سنگ کرم نیز فرسودگی زیستی شناسایی شد. با این وجود در مورد پاتین موجود بر بلوک های نقش انسان بالدار و دیواره تل تخت می توان اظهار داشت که با وجود اینکه گلسنگ در سطحِ اثر فرسایش ایجاد کرده، اما اگر بتوان شکل گیری پاتین را به گلسنگ نسبت داد؛ گلسنگ بطور متقابل با تشکیل لایه ی پاتین، مانند یک پوشش بر سطح بستر توانسته از تاثیر عوامل دیگر جوی بر سطح سنگ جلوگیری کند. بطور کلی نتایج حاصله از مشاهدات و آزمایشات ثابت کردند که مهم ترین عامل های محیطی مخرب در محوطه میراث جهانی پاسارگاد میکروارگانیزم ها و اثرات جانبی آب بواسطه انحلال فاز کربناتی و نیز تورم رسی هستند.