«تفسیر موضوعی» به معنای گردآوری آیات قرآن کریم درباره یک موضوع خاص و استنطاق آنها به منظور دستیابی به دیدگاه قرآنی در خصوص یک موضوع است. در این تحقیق با استفاده از روش توصیفی تحلیلی روش تفسیر موضوعی دو اندیشمند بزرگ آیت الله مصباح یزدی و آیت الله جوادی آملی بررسی گردیده و وجوه تشابه و تمایز روش ها ارائه شده است. در شیوه انتخاب و ترتیب موضوعات در تفاسیر موضوعی، هر دو استاد در انتخاب موضوعات، هم از موضوعات درون متنی و هم موضوعات برون متنی استفاده کرده اند؛ اما در شیوه چینش موضوعات، یکسان عمل نکرده اند و چینش آیت الله مصباح یزدی ترجیح دارد؛ زیرا از مسائل مهم و اساسی دین شروع می شود و جایگاه موضوعات به ترتیب آمده است. از دیگر امتیازات شیوه آیت الله مصباح یزدی در جمع آوری و دسته بندی آیات، محور قرار دادن توحید است. در تفاسیر موضوعی هر دو استاد به قواعد تفسیری توجه شده است؛ همچون توجه به سیاق و نکات ادبی. آیت الله مصباح یزدی در موارد متعددی متعرض دیدگاه مفسران شیعه و سنی شده است، به ویژه دیدگاه های استاد خود علامه طباطبائی را در مکرر ذکر کرده و گاهی ادله ای برای رد آن آورده و این نشانه آزاداندیشی ایشان در اظهارنظرها و دیدگاه هاست. هر دو مفسر از روایات استفاده کرده اند و در این زمینه تفاوتی میان آنها وجود ندارد. با توجه به اینکه هر دو مفسر از شاگردان برجسته علامه طباطبائی به شمار می آیند و علوم عقلی را از محضر ایشان فراگرفته اند، دیدگاه های نسبتاً نزدیکی در استفاده از برهان های عقلی دارند و گرایش تفسیر عقلی در تفسیر هر دو مفسر به چشم می خورد.