از عصر مشروطه، لزوم شکل گیری یک نظام سیاسی مبتنی بر قانون، همواره دغدغه بوده است. با استقرار جمهوری اسلامی اندیشه قانون شرع تحقق یافت اما دشواره های موجود در این زمینه که ناشی از دوگانگی های مکنون در ارتباط این دو عنصر بود، آشکار شد. زیرا پذیرش جمهوریت و اعتبار رأی اکثریت با تأسیس نهاد قانونگذاری و مجلس شورا توسط مردم و تدوین قواعد موضوعه همراه بود. لذا در این پژوهش با بررسی نسبت میان شریعت و قانون در نظریه های اندیشمندان به عنوان مبانی نظری تحقیق، ماهیت نظام جمهوری اسلامی در مواجهه با دوگانه قانون و شریعت با استناد به آثار امام خمینی(ره) و قانون اساسی مورد واکاوی قرار گرفت. اهمیت این موضوع از آن جهت است که بسیاری از چالش هایی که امروز با آن مواجهیم ریشه در مبهم بودن، دوگانگی و ناسازگاری بخشی از مبانی نظری و فکریست که اساس یک نظام بر آنها استوار گردیده و تا وقتیکه انسجام لازم را پیدا نکند، ارکان و بازوان اجرایی نیز به درستی عمل نخواهند نمود. هدف پژوهش، تحلیل ماهیت نظام، بازنمایی و تبیین رویکرد اجتهادی و فقهی به مفاهیم نو(قانون) و پرسش های دولت مدرن است. در این راستا، سؤال اصلی این است که ماهیت نظام جمهوری اسلامی در مواجه با دوگانه شریعت و قانون چیست؟ فرضیه ما در پاسخ به این سؤال آنست که جمهوری اسلامی، نظامی مبتنی بر حاکمیت شرع و بر محوریت ولایت مطلقه فقیه است. روش پژوهش تفسیری از نوع کیفی و گردآوری اطلاعات به روش کتابخانه ای است.