پس از روی کار آمدن سلسله صفویان و رسمی نمودن مذهب تشیع متاسفانه بسیاری از اشتراکات دو طرف به فراموشی و یا در بهترین حالت بسیار کم رنگ گردید و به جای آن اختلافات فرهنگی مذهبی و ملی گرایی رنگ تعصب به خود گرفت. توهین به اعتقادات اهل سنت، لعن و صعب به شخصیت های مذهبی آنان و اذیت و آزار طرفداران این مذهب باعث ایجاد اولین اختلافات رسمی دو کشور گردید، در مقابل دولت عثمانی که داعیه حکومت بر همه سرزمین های اسلامی را در سر داشت نه تنها وجود یک کشور مسلمان شیعه مذهب را در مرزهای شرقی خود نمی توانست تحمل کند بلکه همواره با قدرت نظامی خود در صدد تصرف و ضمیمه کردن بخش های از خاک آن به امپراطوری پهناورش بود، علاوه بر این وجود مرزهای مشترک گسترده و علاقه هر دو حکومت به قسمت هایی از سرزمین های طرف مقابل (ایران اماکن متبرکه در عراق و دولت عثمانی سرزمین های گرجستان، ارمنستان و آذربایجان) مواردی بود که بر اساس آن دو طرف نه تنها برای کمک به گسترش و رفاه امت اسلامی قدمی برای اتحاد و تقویت هم بر نداشتند بلکه این جنگ و کشتارها از مهم ترین علل ضعفشان در برابر کشورهای غیر مسلمان نیز محسوب می شد. طوریکه هرگاه کشورهای اروپایی در موازنه قدرت چه با ایران و چه با عثمانی دچار مشکل می شدند با هر حیله و فریبی سعی در شعله ور کردن این اختلافات داشتند به شکلی که پس از گذشت سال ها ردپای استکبار و استعمار به صورت عریان و آشکار در بسیاری از این اختلافات تاریخی به وضوح دیده می شود. ثمره این دشمنی 400 ساله؛ صدها هزار کشته، زخمی و آوره از هر دو کشور و هدر رفتن سرمایه دو دولت و ملت اسلامی بود، ثروت هایی که باید صرف گسترش علم، فرهنگ، دانش و بهبود بهداشت و معیشت آن ها می شد صرف جنگ های گردید که فقط به سود کشورهای اروپایی بود.