فقهای امامیه و اهل سنت در مشروعیت انتخاب جنسیت جنین به سه نظر قائل هستند: معتقدان به جواز معتقدند که اشکال های وارد بر بهره گیری از این تکنیک دفع شدنی است؛ قائلان به حرمت بر این باورند که دست بردن در ژن های جنین برای تغییرات غیرضروری، خطا و ناروا است؛ باورآورندگان به تفصیل، استفاده از این تکنیک را فقط برای پیشگیری از انتقال ناهنجاری های ژنتیکی یا درمان بیماری ها صحیح دانسته اند. در این پژوهش، با روش کتابخانه ای و تحلیلی توصیفی، ادله مشروعیت انتخاب جنسیت در فقه فریقین و دلائل مخالفان آن ها تبیین شده است. یافته های این پژوهش نشان می دهد که انتخاب جنسیت به دلایل غیرپزشکی و صرفاً براساس علاقه والدین به جنسی خاص، جایز نیست. تنها در فرضی که برای حفظ سلامت مادر یا جنین، راهی جز استفاده از تکنیک های انتخاب جنسیت نباشد، عقلاً در تزاحم بین نجات بیمار و اخذ سلول از جنین، اولی مقدم است.