یکی از دغدغه های مهم متفکران اسلامی در طول تاریخ، شناخت صحیح خداوند متعال بوده است. میرزا مهدی اصفهانی با تأکید بر آیات و روایت، درصدد بیان روش خاصی برای شناخت خداوند متعال است که با روش فلاسفه و عرفا متفاوت است. ازنظر میرزا مهدی اصفهانی، استدلال های فلسفی نه تنها ما را به خداوند متعال نمی رساند، درواقع حجابی برای معرفت خداوند متعال است و این شناخت ما را در مفاهیم ذهنی متوقف می کند. ازنظر میرزا مهدی، شناخت و معرفت ذات الهی تنها به وسیله خداوند متعال و با معرفت فطری حاصل می شود. میرزا مهدی بیان می کند در مسئله شناخت خداوند باید میان دو مقام اثبات خداوند و معرفت خداوند تفکیک قائل شد. منابع دینی، یکی از منابع مهم و تأکیدشده میرزامهدی اصفهانی است. با مراجعه به منابع دینی، مشخص می شود تفکیک میان دو مقام اثبات و معرفت خداوند صحیح نیست و چاره ای غیر از استفاده از مفاهیم ذهنی برای شناخت خداوند متعال نیست. همچنین با توجه به بسیط بودن خداوند متعال، مشخص می شود معرفت فطری تبیین شده میرزامهدی، امر ناممکنی است.