حکیم آقاعلی مدرس در تحریر و تقریر اصل توحید بر کاربست اصول حکمت متعالیه اهتمام جدی دارد. اصل وجود مستقل و رابط از همان اصولی است که صدرالمتألهین برای نیل به وحدت شخصی وجود و گذر از اصل علیت تباین انگار به تطور و تشأن به کار گرفته است. حکمای پس از او نیز به این اصل عنایت ویژه داشته و به سان او به بیانات مختلف طی طریق کرده اند. حکیم آقاعلی مدرس چندان اهتمام به این مسئله دارد که مضاف بر قلم فرسایی در تعلیقه ها و بدایع الحکم، رساله مستقل وجود رابط را در این راستا نگاشته است. باوجود این تفصیل و تبیین، برخی او را متهم به خلط وجود رابط و رابطی کرده و او را کثرت انگار و در شمار معارضان وحدت وجود پنداشته اند. در این راستا عباراتی را که حکیم برای رد خوانش خام و تقریر ناهنجار از وحدت وجود به کار برده، پشتوانه ادعای خود قرار داده اند. سپس هنگامی که با تقریر زیبا و مستحکم او از خوانشی خاص از وحدت وجود روبه رو شده اند، دچار تشویش شده و حکیم را متهم به هم خوانی نداشتن مبنا و بنا پنداشته اند. بازخوانی مدعاهای شتاب زده و سطحی و واکاوی موضع آن حکیم راسخ در حکمت متعالیه، ژرفای خردورزی متعالی را بیش از پیش نمایان می سازد و از ساحت حکمت متعالیه شبهه زدایی خواهد کرد.