یکی از مسائل مطرح شده در فلسفه اسلامی اصالت وجود و یا ماهیت است. قاضی سعید قمی از جمله طرفداران اصالت ماهیت است که بر آن برهان اقامه کرده است. از طرفی در آثار او عبارات فراوانی دیده می شود که دلالت بر اصالت وجود دارد. برخی اینگونه مطالب قاضی سعید را به دلیل اینکه از اساتید دارای مشارب مختلف استفاده نموده دال بر وجود تناقض در آثار او دانسته اند. اما علت این امر را می توان در چند امر جستجو نمود: اول برتری قوت عرفانی قاضی بر قدرت فلسفی وی یعنی عدم توان او در تقریر مناسب فلسفی یافته های عرفان؛ دوم ذو مراتب بودن مطالب وی، اینکه بدون توجه به مجموع آثار، نظری به عنوان رأی مختار او اخذ و تعمیم داده شده است؛ سوم تفسیر نادرست از قول اصالت ماهیت وی، در صورتیکه مراد وی از اصالت ماهیت تکیه بر وحدت حقه وجود بوده نه معنای سخیفی از اصالت ماهیت؛ و نیز وجود اختلافات لفظی در اینکه اصل دعوای اصالت وجود یا ماهیت دعوایی لفظی است نه حقیقی.