پایان نامه نویسی، یکی از فعالیت های علمی – پژوهشی طلاب، در سطوح عالی حوزوی سطح 3 و 4 است که در این مرحله، انتظار می رود قدرت نویسندگی و توانایی آنان در تولید دانش دینی نو، شکوفا شود. حوزه علمیه الگویی، برای نگارش پایان نامه طلاب تدوین کرده است که طلاب ملزم به رعایت آن هستند. این الگوها، دارای اشکال های روش شناختی متعدد هستند. این مقاله، به نقد این الگوها اختصاص دارد و با استفاده از روش توصیفی – تحلیلی، در سه بخش سامان یافته است: در بخش نقد صوری، به اشکالات ظاهری از ایرادات املائی الگوها بر اساس مصوب فرهنگستان زبان و ادب فارسی و نیز اشکال های قلم ها پرداخته و در بخش نقد ساختاری، نگاهی به نواقص«ارائه منطقی محتوا» در این الگوها دارد. نقد محتوایی، بخش آخر این مقاله انتقادی است که در هشت محور به اشکالات این الگوها، مانند ابهام در برخی مفاهیم، اصرار بی مورد بر لزوم ارائه فرضیه در همه پایان نامه ها، ارجاع دهی نادرست و... پرداخته است.