حجم بالای یارانه انرژی در اقتصاد کشور به همراه سایر انحرافات قیمتی با بر هم زدن قیمت های نسبی نهاده ها موجب تخصیص غیربهینه منابع گردیده و از این جهت هزینه های قابل توجهی را بر اقتصاد کشور وارد می کند. این مطالعه با هدف ارزیابی بخشی از این هزینه ها، به دنبال برآورد هزینه های عدم کارایی تخصیصی، ناشی از انحراف در قیمت حامل های انرژی در بخش صنعت است. در این مطالعه با لحاظ انحرافات قیمتی در یک سیستم معادلات غیرخطی و با استفاده از رویکرد تابع هزینه سایه ای، عدم کارایی تخصیصی محاسبه شده است. مدل مورد نظر برای داده ها و نمونه های مورد نظر و صنایع منتخب به روش ISUR برآورد شد. طبق نتایج به دست آمده به صورت متوسط و در سطح کل صنعت، هزینه های عدم کارایی تخصیصی ناشی از انحراف در قیمت همه نهاده های تولید به میزان 45 درصد هزینه های تولید بنگاه هاست. اندازه عدم کارایی تخصیصی که فقط از انحراف قیمت انرژی ناشی می شود معادل 34 درصد هزینه های تولید است. ضمن اینکه با لحاظ روابط جانشینی و مکملی بین نهاده ها پس از حذف کامل انحراف قیمتی نهاده انرژی، سهم انرژی در هزینه های تولید از 7/5 درصد به 10 درصد افزایش می یابد.
