با بررسی شمول و گستردگی موضوعات «بحار الانوار» از یک سو، و کامل بودن آیات هر باب از سوی دیگر، نظم و انسجام روش علامه مجلسی در ورود به تفسیر آیات روشن می گردد. بررسی محتوای باب هایی که هم دارای آیات و هم تفسیر هستند، نمایانگر توسعه و ابتکار ایشان در گردآوری آیات بر اساس موضوع بندی ابواب تفسیری در «بحار الانوار» است که در ذیل آن، با نقل از دانشمندان و مفسران و بررسی و نقد اقوال ایشان، مقدمات رسیدن به مرحلة بعد فراهم می شود. تحلیل، استنتاج و اظهار نظرْ اصلی ترین مرحله در تفسیر است که با پاسخ به شبهات از سوی مرحوم مجلسی و رفع تعارض ها با تکیه بر اصول تفسیری صورت گرفته است. از مجموع بررسی های صورت گرفته، وسعت و قوّت کار علامه مجلسی ثابت می شود. نگاه دقیق مرحوم مجلسی در ترجیح نظر برخی از مفسران با استناد به سیاق آیات، شهرت و احادیث و نقد برخی دیگر از نظرات تفسیری به سبب تناقض با مسلمات اعتقادی و احادیث و همچنین جلوگیری از تکلف در تفسیر، گواه این مطلب است. هرچند نمی توان گفت ایشان در زمان خویش به دنبال تفسیر موضوعی به شیوة کنونی بوده، اما عمق و دقت کار وی در «بحار الانوار» به گونه ای است که می تواند برای دانشمندان و صاحب نظران حوزة تفسیر موضوعی منشأ الهام و پیشرفت باشد.
