نحوه تعامل رسول خدا (ص) با منافقان از موضوعات پردامنه و بحث برانگیز در تاریخ اسلام بوده است. بر اساس یافته های این پژوهش رسول خدا در برخورد با منافقان بیشترین مقدار تساهل و تسامح را از خود نشان داد و تا آنجا که ممکن بود از مجازات آنها صرف نظر کرد. آن ها را مجبور به شرکت در جنگ نکرد. اگر با سخنان خود در صدد آزار رسول خدا (ص) یا تضعیف روحیه مسلمانان بر می آمدند گاه پاسخ آنان را به صورت کلامی می داد و گاه آنان را منزوی و اعمالشان را با محدودیت مواجه می ساخت، اما به همین مقدار اکتفا می کرد، حتی در غزوه تبوک که چند تن از آن ها در صدد کشتن رسول خدا (ص) برآمدند آن ها را به مردم معرفی نکرد. در مقابل اگر منافقان دست به توطئه می زدند به سرعت در برابر آن واکنش نشان می داد؛ از جمله در غزوه تبوک که مدت غیبتش از مدینه طولانی می شد به جای خود علی بن ابی طالب (ع) را گمارد تا منافقان دست به کار خطرناکی علیه مسلمین نزنند. در بازگشت نیز مسجد آن ها را که به فرموده قرآن به انگیزه ضرر رساندن ساخته بودند ویران ساخت.
