دولت سلجوقی تجربه خوبی را از ساختار و مشروعیت سیاسی به یادگار گذاشت. پایه های مشروعیت این حکومت خلافت عباسی، الگوی ایران باستان (دیوانسالاری ایرانی)، سنن قبیله ای که با تلاش های مدرسان مدارس نظامیه فراهم شد. این ساختار توانست حاکمیت خود را بر محدوده گسترده ای از ماوراءالنهر تا دریای مدیترانه اعمال کند. اما از اواخر دوره ملک شاه این ساختار دچار تعارضات شد. این مقاله با توجه به نظریات امام محمد غزالی و خواجه نظام الملک طوسی در مورد مشروعیت سیاسی و همینطور ماکس وبر به بررسی تعارضات ساختاری و فکری از اواخر دوره ملک شاه می پردازد، تا نشان دهد پایه های مشروعیت از این دوران متزلزل شد و دولت سلجوقی را در سراشیبی سقوط قرار داد. یافته های پژوهش که مبتنی بر روش توصیفی-تحلیلی با تکیه بر منابع اصلی و تحقیقات جدید است، نشان می دهد در تعارضات ساختاری بحران درروابط سلطان با نهادهای دیگر مثل خلافت، وزارت و امیران و ورود زنان به عرصه قدرت منجر به ضعف سلجوقیان شد. در تعارضات فکری نیز مسئله وحدت سلطان و خلافت عباسی و ضرورت امنیت در جهان اسلام باعت بی توجهی به علوم عقلی شد که تاثیرات آن در منابع تاریخی مشهود بود، البته زمینه های خردستیزی از قبل فراهم شده بود و این روند در دوره سلجوقی تشدید یافت.
