عصر امام باقر(ع) از جنبه فکری و اجتماعی یک مقطع مهم و نقطه عطف در زندگی شیعیان به شمار می رود. مطالعات و پژوهش های معطوف به تاریخ اجتماعی شیعیان، که در سال های اخیر افزایشی چشم گیر داشته است، درباره این گونه مقاطع تاریخی اهمیتی مضاعف می یابد. مقاله حاضر با بهره گیری از گزارش های مندرج در منابع مختلف تاریخی، در پی یافتن پاسخ پرسش هایی درباره مهم ترین چالش های اجتماعی شیعیان در این دوره، در حوزه اندیشه ای و رفتاری است. بر اساس یافته های این پژوهش، می توان مهم ترین این چالش ها را چنین برشمرد: اختلاف و چنددستگی شیعیان با گسترش کیسانیه و ایجاد زمینه های پیدایش زیدیه، دوری شیعیان کوفه از امام باقر(ع) و تأثیر آن در انحرافات فکری و عملی آن ها، مشکلات اقتصادی شیعیان و درگیری آن ها با یک دیگر در این زمینه، و سرانجام پدیده غلات و تأثیر اندیشه ها و عملکرد نامناسب آنان بر انحراف برخی شیعیان و بدنامی شیعیان.