یکی از حوزه های بسیار اساسی و مبنایی در هر علمی، حوزه روش شناسی آن است به گونه ای که می توان ادعا کرد قوام هر علم به روش شناسی آن است. البته روش شناسی را نمی توان کاملاً و دقیقاً از معرفت شناسی علم جدا کرد و این دو تکمیل کننده یکدیگر هستند. متأسفانه آنچه در اقتصاد اسلامی آن طور که باید و شاید، مطمح نظر دانشمندان قرار نگرفته است، همین حوزه روش شناسی است. عمده رویکردهای رایج در اقتصاد اسلامی، همان روش شناسی اقتصاد متعارف است و اقتصاددانان اسلامی کمتر در این زمینه نوآوری داشته اند. در این مقاله سعی می شود پس از تبیین حوزه روش شناسی، درباره رابطه آن با معرفت شناسی، رابطه عینیت و ذهنیت و نیز جایگاه تجربه، عقل و ارزش از نگاه اقتصاددانان غربی و اسلامی بحث شود. سپس روش کشف نظریه های اقتصاد اسلامی را با تأکید بر نظریات شهید مطهری و شهید صدر بررسی می کنیم. نهایتاً با معرفی عدالت به مثابه مبنای معرفت شناسی و روش شناسی در علوم انسانی اسلامی و خصوصاً اقتصاد اسلامی، تلاش می کنیم چارچوب نوآورانه ای در حوزه روش شناسی مبتنی بر تلقی اسلامی از عدالت تحت عنوان «توازن حق مدار» ارائه کنیم.