بخارا مهم ترین شهر ماوراءالنهر در دوره اسلامی است که در سال های پایانی دهه سوم قرن چهاردهم هجری شاهد یک درگیری مذهبی گسترده بین شیعیان و اهل سنت بود. این درگیری که به بهانه بدعت خوانده شدن مراسم عزاداری شیعیان در سال 1328ه .ق و به رهبری «آستانه قول قوش بیگی» به عنوان نماینده اقلیت شیعه و «برهان الدین» به عنوان نماینده اکثریت سنی و محتسب شهر آغاز شد، ریشه در زمینه های سیاسی و اجتماعی و قومی پیشین داشت که مهم ترین آن ها را می توان این گونه برشمرد: دامن زدن به تعصب دینی از سوی برخی حاکمان، ضعف قدرت مسلمانان در ماوراءالنهر و سوء استفاده غیرمسلمانان برای دست اندازی به سرزمین های مسلمان نشین، افراط گرایی مذهبی از سوی شیعیان و اهل سنت ماوراءالنهر، اختلاف های قومی و رقابت های سیاسی در شهر بخارا. پیش از سلطه اتحاد جماهیر شوروی، این نزاع مهار شد و شیعیان و اهل سنت بخارا دوباره به زندگی مسالمت آمیز خود روی آوردند. این نوشتار، ضمن بررسی تاریخی چگونگی و چرایی این واپسین نزاع سنی شیعی در بخارا پیش از گسترش موج ملی گرایی و سلطه روس ها، به این نتیجه رسیده است که مسلمانان ماوراءالنهر باید با دوراندیشی و افزایش آگاهی دینی خود، مصالح امت اسلامی را حفظ کنند و به تقویت همگرایی بپردازند.