یکی از شبهات مطرح در تفسیر آیه «لا اکراه فی الدین»، مسئله تعارض جهاد ابتدایی در اسلام با این آیه است. مراد از آیه لا اکراه، نفی حقیقی هر امر مکروه در دین خدا، نفی هرگونه اکراه درونی در پذیرش دین الهی یا غیر الهی و نهی از اکراه بیرونی در قلمرو دین الهی است و هیچ یک از این حالات مغایر با اراده و اکراه الهی بر حاکمیت دین خود نیست. مفسرین جهت حل شبهه فوق راهکارهای متعددی را ارائه نموده اند که لزوم حمل آیات مطلق جهاد بر آیات مقید، بهترین آن است. ازاین رو هیچ یک از آیاتی که در آن به قتال با کافران و مشرکان دستور داده شده است، فرمان مطلق نیست و مقید به قیودی مانند: تعدی، قتال، ظلم، آزار و اذیت، اخراج مسلمین، پیمان شکنی، فتنه گری، طعنه زدن به دین خدا و خیانت کافرین و مشرکین است.
