حرکت جوهری از اصول بنیادی حکمت متعالیه است که آن را از دیگر مکاتب فلسفی متمایز می کند. نفس به جهت تعلّقی که با عالم طبیعت دارد، مشمول این حرکت می شود که بروز تحوّل و تغییر، آن را دور از واقع نمی سازد. این نظریه در معرفی و شناخت نفس انسان، بابی جدید را می گشاید که برای فلاسفه پیش از ملاصدرا مطرح نبوده است. تبیین علت قابلی دریافت وحی و نحوه تحقق معجزه و کرامت اولیای الهی در سایه این اصل صورت می گیرد. همچنین حرکت جوهری نفس در تبیین موت نیز اثرگذار است. سعادت انسان به کمک این اصل فلسفی به نحوی دیگر تبیین می شود و در تأمین این مسیر، دو بال ایمان و عمل صالح، نقشی محوری ایفا می کنند. معاد جسمانی و مسخ انسان نیز در پرتو حرکت جوهری نفس قابل تبیین خواهد بود.
