اختلاف بر سر تعیین مرزها، ناآرامی و ناامنی در مرزها، مسئله رود هیرمند و مشکل مهاجرت اتباع دو کشور به شهرهای مرزی یکدیگر در دوره رضاشاه ) 6311 م/ 6901 ش- 6316 م/ 6910 ش( محورهای این مقاله را تشکیل می دهد. کشور افغانستان، یکی از مهم ترین همسایگان ایران، نقش مهمی در روابط خارجی ایران داشته است. بنابراین در این پژوهش تلاش شده است از دغدغه ها و چالش های این دو کشور در مرزها و اقدام های به کاررفته آگاهی حاصل شود. یافته های این پژوهش با استفاده از روش تاریخی و همچنین با مطالعه تطبیقی اسناد آرشیو وزارت امور خارجه و سازمان اسناد ملی ایران، که تاکنون منتشر نشده اند، نشان می دهد این دو کشور به رغم اشتراک ها و صمیمیت در روابط، در برخی مسائل دچار اختلاف های عمیق و تاریخی بوده اند. اگرچه در مقاطع مختلف اقدام های به صورت مسائل حل ناشده باقی می مانده است.