تفسیر علمی قرآن، به معنای استفاده از یافته های اطمینان آور علوم تجربی در فهم قرآن است که به عنوان قرائنی برای تفسیر قرآن به کار می رود؛ البته تفسیر علمی در طول تاریخ، فراز و نشیب هایی داشته است و گاهی به صورت افراطی مطرح شده؛ یعنی تلاش شده است همه جزئیات علوم بشری، از قرآن استخراج شود، یا نظریه های علمی اثبات نشده و غیر اطمینان آور بر قرآن تحمیل گردد، که منتهی به تفسیر به رای شده است. گاهی نیز راه اعتدال پیموده، به صورت استخدام علوم در فهم و تفسیر قرآن مطرح شده است.
مفسران شیعه از هزار سال قبل، به این شیوه تفسیری توجه کرده اند، ولی راه اعتدال را پیموده اند. سرنخ های تفسیر علمی را در مجمع البیان می یابیم؛ سپس مفسران دیگر شیعه به ویژه در قرن اخیر، به این مباحث توجه کرده اند و حتی دیدگاه های خاصی ارائه کرده اند؛ از جمله: آیت الله مکارم شیرازی که بین تفسیر علمی به وسیله علوم تجربی قطعی و غیر قطعی تفاوت می گذارد و قسم اول را می پذیرد و علامه معرفت که بین نسبت دادن قطعی علوم به قرآن و نسبت دادن احتمالی آنها تفاوت می گذارد و قسم دوم را می پذیرد و در موارد متعددی، ادعای اعجاز علمی قرآن را نیز مطرح کرده، پذیرفته اند