نسخِ کتاب علی بن جعفر، از جهتِ تبویب و عدم تبویب و نیز انتساب روایات به امام کاظم (ع) یا امام صادق (ع) اختلاف دارند. در کتاب او مشکلاتی از قبیلِ مخالفت با اجماع، عدم تناسب با راوی و اضطراب، دیده می شود. وجود اشتراکاتِ متنی متعّدد میانِ روایات علی بن جعفر از امام کاظم (ع) با روایاتِ دیگران از امام صادق (ع) و امام باقر (ع)، نشان دهنده پیوند مستقیمِ کتاب با منابعِ مکتوب پیشین است. کتاب عبید الله حلبی، کتاب عمار ساباطی، و کتاب اسماعیل بن ابی زیاد سکونی به عنوان سه منبعِ مهم روایاتِ علی بن جعفر، قابل شناسایی است. درباره چگونگی انتساب این روایات به امام کاظم (ع) دو دیدگاه متفاوت از سوی محمد باقر بهبودی و سید احمد مددی، ارائه شده که هر یک با چالش هایی روبرو است. برای تبیین این مسأله می توان فرضیه سومی مطرح کرد که به آن پرداخته شده است.
