آسیب شناسی چالش های حکمرانی در مناطق آزاد گواه است که مشخص نبودن جایگاه الگوی اداره و مدیریت مناطق آزاد در اقتصاد کشور و نبود شفافیت در اهداف نهایی این مناطق و نیز متناسب نبودن برخی از قوانین و مقررات با فضای حاکم بر مناطق آزاد از عمده تعارض ها و ناکارآمدی ها در این مناطق است که با اصلاح چالش های مطرح شده می توان به تحقق اهداف تعیین شده برای مناطق آزاد امیدوار بود. بازنگری قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی نیازمند این است که با آسیب شناسی دقیق از مناطق موجود، نقاط ضعف این مناطق شناسایی شود و سپس الگوی مدیریتی جدید تدوین و متناسب با آن نیز قوانین و مقررات حاکم بر این مناطق اصلاح شود. در غیر این صورت قوانین موجود مناطق آزاد به هدررفت منابع منجر می شود و دستاوری برای این مناطق نخواهد داشت. برای بهبود عملکرد این مناطق، بازنگری در ساختار دبیرخانه مناطق آزاد، بازنگری در نحوه تأمین مالی این مناطق، هدفمند کردن معافیت های مالیات، تمرکز بر هدف گذاری تخصصی در مناطق آزاد، تمرکز بر جذب سرمایه گذاری خارجی به صورت هدفمند و انتصاب شایسته مدیران فارغ از معیارهای سیاسی توصیه می شود.